PHYPAQ - PHYsiologie des espèces exploitées par la Pêche et l’AQuaculture
Les préoccupations scientifiques de l’équipe PhyPAQ sont centrées sur la physiologie des organismes aquatiques pour le développement d’une aquaculture et d’une pêche durables. Les recherches sont réalisées à différents niveaux d’intégration, de la molécule aux communautés aquatiques, en passant par les espèces et les populations. Elles contribuent ainsi à la conservation des écosystèmes aquatiques et à une utilisation raisonnée des ressources respectueuse de l’environnement.
Les approches développées par PhyPAQ s’appuient fortement sur les techniques dites « omiques » : transcriptomique, protéomique et peptidomique. Le séquençage de transcriptomes tissulaires permet d’identifier les peptides bioactifs, les protéines fonctionnelles (vitellogénines, transporteurs d’acides aminés, récepteurs de neuropeptides), mais aussi d’accéder aux données d’expression de manière globale. L’analyse in silico de transcriptomes associée à une identification des produits d’expression matures grâce à la spectrométrie de masse débouche sur de multiples applications dans les sujets développés par PhyPAQ.
Quel que soit le modèle étudié, ces approches offrent la possibilité d’étudier finement les processus mis en jeu qu’il s’agisse de la régulation de la vitellogenèse chez un poisson téléostéen ou un mollusque céphalopode, de l’expression de biomarqueurs associés à des voix métaboliques particulières lors d’un challenge alimentaire, ou de la réponse immunitaire résultant d’un stress observé en élevage. La puissance des approches « omiques » associées à des tests fonctionnels in vivo comportementaux ou in vitro au niveau de la cellule ou de l’organe permet d’établir le lien entre le niveau moléculaire et l’organisme. Par ailleurs, en complément des approches « omiques » et de la spectrométrie de masse, des tests immunologiques tel que l’ELISA pour le sexage des géniteurs d’Heterotis niloticus, l’immunocytochimie pour la cartographie tissulaire des neuropeptides et les études comportementales sur les géniteurs sont mis en œuvre en routine.
Axe 1 – Reproduction/Nutrition/Immunité
A travers l’étude des processus physiologiques, en milieu naturel et en conditions expérimentales, cet axe de recherche vise à comprendre les mécanismes de régulation au niveau moléculaire impliqués dans la reproduction, dans la nutrition en aquaculture et dans l’immunité.
Les approches développées par PhyPAQ s’appuient fortement sur les techniques dites « omiques » et ciblent les peptides bioactifs impliqués dans la régulation de la gamétogenèse, de la ponte, de l’absorption intestinale mais aussi les protéines fonctionnelles associées à ces mêmes fonctions ainsi qu’à l’immunité.
L’analyse des données d’expression obtenues en RNAseq permet de poser des hypothèses fonctionnelles pour les différentes catégories de peptides régulateurs (neurohormones, phéromones) ou d’identifier des voies métaboliques régulées dans des conditions d’élevage contrôlées.
Axe 2 – Aquaculture et pêche durables
L’axe 1 fournit les outils méthodologiques et les données fondamentales qui permettent d’envisager une approche plus finalisée destinée à répondre à des problématiques très concrètes pour développer une aquaculture et une pêche durables.
En combinant diverses approches techniques, qu’elles soient moléculaires, biochimiques ou fonctionnelles, cet axe de recherche vise, pour les organismes aquatiques cibles (poissons et céphalopodes) :
1) à développer des études sur la reproduction en milieu contrôlé en tenant compte des aspects comportementaux et des facteurs endocriniens pertinents,
2) à comprendre les mécanismes permettant la rencontre des géniteurs, l’émission et la protection des gamètes,
3) à tester des ingrédients alternatifs à la farine de poisson, pour la mise au point d'aliments aquacoles s'inscrivant dans une démarche d’aquaculture durable,
4) à étudier les mécanismes physiologiques impactés par le changement climatique en prenant en compte les interactions milieu-nutrition-système immunitaire. Ces connaissances contribueront à la maîtrise des conditions d’élevage des espèces cibles.
L’ensemble des recherches menées sur les deux axes a pour objectif de fournir les bases physiologiques pour le développement durable de l’aquaculture et de la pêche, en accord avec les Objectifs du Développement Durable (ODD) des Nations Unies.
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. 2024. « Influence Of Strains In Development Of Francisellosis In The Blue Mussel Mytilus Edulis During Experimental Challenges ». Aquaculture Reports 36: 102135. doi:10.1016/j.aqrep.2024.102135. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352513424002230.
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. 2023. « First Isolation Of Francisella Halioticida Strains From Blue Mussel (Mytilus Edulis) In Normandy, France ». Journal Of Invertebrate Pathology 200: 107950. doi:10.1016/j.jip.2023.107950. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022201123000678.
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. 2022. « Multifaceted Roles Of The Egg Perivitelline Layer In Avian Reproduction: Functional Insights From The Proteomes Of Chicken Egg Inner And Outer Sublayers ». Journal Of Proteomics 258: 104489. doi:10.1016/j.jprot.2022.104489. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1874391922000124.
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. 2022. « Detection Of The Protistan Parasite, Haplosporidium Costale In Crassostrea Gigas Oysters From The French Coast: A Retrospective Study ». Journal Of Invertebrate Pathology 195: 107831. doi:10.1016/j.jip.2022.107831. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022201122001161.
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2020
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